北京畜牧獸醫(yī)研究所豬基因組近交系數(shù)評(píng)估取得新進(jìn)展

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2020-05-07 14:11:00 來(lái)源：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所

近日，牧醫(yī)所豬遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)在豬基因組近交系數(shù)評(píng)估上取得新進(jìn)展，為豬的育種保種工作和避免實(shí)際育種中的近親交配提供了參考依據(jù)。

　　據(jù)介紹，連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜計(jì)算的期望近交系數(shù)更加準(zhǔn)確，而且不再依賴于系譜記錄的準(zhǔn)確性和完整性，能準(zhǔn)確地反映兩個(gè)配子間的關(guān)系。

　　研究針對(duì)2569個(gè)大白豬共檢查到176182個(gè)ROH，其中ROH數(shù)目最多的染色體為6號(hào)，最少的為12號(hào)，而覆蓋率最高為14號(hào)，最低的為13號(hào)。研究進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，檢測(cè)到的ROH并非均勻分布在基因組上，通過(guò)ROH計(jì)算的平均基因組近交系數(shù)為0.14，而系譜為0.011，兩者的相關(guān)系數(shù)為0.35，并在ROH富集的基因組區(qū)段注釋到與大白豬繁殖性狀、肌肉發(fā)育和脂肪沉積相關(guān)的基因，如： SIRT1 、 MYPN 、 SETDB1 和 PSMD4 ，為鑒定候選基因提供了有效的方法。

　　研究成果已發(fā)表在農(nóng)林科學(xué)1區(qū)和奶制品與動(dòng)物科學(xué)1區(qū)的《Journal of Animal Science and Biotechnology》上。本文的第一作者為史良玉博士研究生和王立剛副研究員，通訊作者為王立賢研究員和趙福平副研究員。該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（No.31572357）和生豬現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-35）支持。

　　原文鏈接：https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-020-00447-0